Наступил 1941 год. Подольскому краю суждено было вписать особую страницу в летопись Великой Отечественной войны. Город стал прифронтовым, превратился в крепость на южных подступах к столице, городу Москве. Здесь разместились четыре военных госпиталя. Часть медицинских работников санитарной службы ушла на фронт. Среди них – Е.Н. Колосов, прошедший всю войну и награжденный многими орденами и медалями, эпидемиолог В.П. Беликова, помощник санитарного врача М.Ф. Дагаев и другие. Оставшиеся работали в госпиталях и больницах день и ночь, оказывая помощь населению и раненым.
В 1940-1942 годы главным санитарным врачом Подольской санитарной организации был врач по гигиене труда К.А. Бакановский, в 1942-1945 годах – врач В.И. Константинова.
В это время архиважно было не допустить эпидемий среди населения. Главный санитарный врач Подольской организации – специалист по гигиене труда К.А. Бакановский, сподвижник Е.Н. Колосова, имея такой авторитет и влияние, что с его мнением считались все директора заводов, научно-исследовательских институтов и врачебная общественность. Слово его в вопросах промышленной санитарии было решающим.
Вся деятельность оставшегося в городе медицинского персонала подчиняется прифронтовой службе. На Подольск было сброшено более 200 фугасных и около 6000 зажигательных бомб, разрушено 78 общественных зданий и жилых помещений. В городе были созданы три медсанчасти, организованы санпосты для оказания медицинской помощи пострадавшим от налетов, увеличен объем работы кабинета переливания крови, руководимого М.В. Рождественской, заслуженным врачом РСФСР.
После декабрьского перелома в ходе военных действий в 1941 г. битвы под Москвой, в Подольск начинается быстрое восстановление промышленности. Чтобы не допустить инфекционных заболеваний, на предприятиях было увеличено количество санитарных пропускников и дезинфекционных камер- с 4 до 13 и с 8 до 16 соответственно, улучшается работа здравпунктов. В практику успешно внедрялся цеховой принцип обслуживания и диспансерный метод. Вся работа строится по комплексному плану, составляемому медсанчастями, завкомом, отделом техники безопасности, санитарной службой при широком участии общественности.
После войны на работу Подольскую санитарную организацию возвращаются с фронта и госпиталей санитарные врачи и средний медицинский персонал. Жизнь снова входит в мирную колею. И далее уже в послевоенные годы коллектив Подольской санитарной службы профессионально решал все вопросы санитарного надзора в городе и районе.